O governo do Estado de São Paulo afirmou, em nota da secretaria de Transportes Metropolitanos, ser o "maior interessado em esclarecer denúncias de formação de cartel por parte de empresas contra a população de São Paulo", e disse considerar "precipitado noticiar o recorte isolado de um inquérito ainda em curso e sigiloso, com base em trecho de despacho de um delegado". O governo declarou que a Corregedoria-Geral da Administração "já abriu procedimentos para apurar o assunto e punirá com rigor o eventual envolvimento de servidores públicos em irregularidade".

O advogado de Roberto Zaniboni, Luiz Fernando Pacheco, disse que ele "recebeu por serviços prestados antes de assumir cargo de diretor da CPTM." O criminalista Eduardo Carnelós, defensor do consultor Arthur Teixeira, repudia taxativamente a acusação. "O sr. Arthur é especialista em sistema ferroviário, com amplas condições de trabalhar como consultor na área. Ele jamais se prestaria ao papel de lobista, muito menos de pagador de propinas."

A Siemens afirmou que "as investigações sobre o setor metroferroviário têm como fonte denúncia espontânea e voluntária resultantes de suas investigações internas desde 2008, que não encontrou quaisquer evidências de corrupção". A Alstom declarou que "recorre a consultores especializados e de eficiência comprovada no mercado com o único objetivo de auxiliá-la na composição de suas propostas e na condução da execução de seus projetos". A Bombardier afirmou que "não participou da formação do consórcio Sistrem". "Nesse período, a companhia não possuía operações no Brasil." A Mitsui afirmou que "tem diligentemente cooperado com as investigações" do Cade". "Como a investigação ainda está em andamento, a Mitsui não comentará o caso". Nenhum representante da CAF foi localizado.

O criminalista Marcelo Martins de Oliveira, que defende Oliver Hossepian, esclareceu que o ex-presidente da CPTM encontra-se gravemente enfermo. O advogado é enfático. "Não existe nenhum tipo de responsabilidade da parte do dr. Hossepian. Ele fez toda a sua carreira profissional no serviço público, na Fepasa e na CPTM, e tornou-se especialista conceituado em transportes. Não há no inquérito nenhum elemento que possa justificar seu indiciamento, quer por ação, quer por omissão, ou por qualquer tipo de elemento circunstancial." Oliveira destaca que o patrimônio que Hossepian "amealhou em sua vida é absolutamente compatível com os seus vencimentos, bem como com o seu nível de vida". As informações são do jornal O Estado de S. Paulo.